为了总结“十一五”开局之年的工作，同时将去年以来的大研讨活动成果转化为落实“十一五”规划，推动体制改革和评建创优工作的共同行动纲领，4月27日下午，学校在主校区教学主楼多功能厅召开了二届五次双代会。全体校领导作为主席团执行主席出席了大会。大会由校党委书记刘卫国致辞，校长何真作工作报告，校党委副书记潘泰、容景春分别主持了大会的前半段和后半段。大会还听取了校工会专职副主席杨业平所作工会工作报告，财务处长陈阳轩所作学校财务工作报告，校党委办公室主任张志强所作提案工作报告。大会选举了广东海洋大学教代会常务委员会委员，补选了收入分配管理工作委员会委员，通过了《广东海洋大学章程》。
何真在全体会议上首先作《深化改革，加强管理，推进创新，努力实现评建创优目标》的报告，从学校发展战略调整；强化教学中心地位；加强师资队伍建设；提高科技创新能力，促进科研成果转化；推动校内体制改革；狠抓党建和思想政治工作等六个方面回顾总结了2006年的工作。去年学校从肩负海洋使命、突出海洋特色、打造海洋品牌的战略高度，凝炼出“人才强校，质量立校，学术兴校，特色扬校”的办学理念，提出在“十一五”时期学校要实现由规模发展为主向内涵发展为主的重大转型，实现了办学指导思想的重大突破。去年申报的水产养殖、水产品加工与贮藏工程、作物遗传育种三学科获批广东省重点学科，其中水产养殖列入省“重点学科”，另两个学科列入“省重点扶持学科”，实现了粤西高校省“重点学科”零的突破。新增7个本科专业和6个二级学科硕士点，新增1个省级名牌专业和1个省级重点实验室。获得省级教学成果2项。去年学校获国家海洋科技创新成果奖二等奖1项，省级科技进步奖二等奖3项、三等奖1项。
报告提出2007年工作的基本思路是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，用科学发展观统领全校工作全局，紧紧围绕学校“十一五”事业发展规划，以教学评建为主线，深化体制改革，落实岗位职责，实施目标管理，提高教育质量，突出科技创新，加强学科建设，强化办学特色，构建和谐校园。
报告从八个方面部署了2007年工作，即：全力抓好评建工作，努力实现“评建创优”； 深化教育教学改革，全面提高人才培养质量；加快推进科技创新，努力提升核心竞争力；加强学科专业建设，大力推进“申博增硕”工作；深化管理体制改革，加快推进科学管理；加快基础设施建设，不断改善办学条件；坚持人文关怀与依法治校相结合，有效加强大学生的教育与管理；加强党的建设，为学校事业发展提供政治、体制和组织保证。
报告指出，内涵发展的关键是管理。为适应学校发展战略的转变，学校的管理要逐步由粗放式管理向集约式管理转变，即由“经验管理”向“科学管理”转变，由重视“量的管理”向重视“质的管理”转变，由“策略管理”向“战略管理”转变。
报告号召在学校党委的正确领导下，全面落实科学发展观，齐心协力，奋力开拓，为实现学校今年的各项工作目标而努力奋斗！
刘卫国在会议最后致辞。他首先指出，本次大会和学校工作报告的认识基础建立在二届四次教代会对“十一五”规划的研讨基础上，2006年教学工作会议对评建工作和教学工作研讨的基础上，2007年学校战略研讨会对学校发展目标和落实领导岗位责任的研讨的基础上，有源于学校的实践和广泛的群众基础，反映了学校办学认识上的新的水平。
刘卫国的致辞着重阐述了推进体制改革，加强内部管理的问题。他强调要通过领导干部管理体制的改革，促进领导干部对自身领导岗位内涵的深刻理解，促进领导水平的提高；通过校、院、系三级管理体制的建立，明确各自职责，理顺关系，承担各级组织的管理教育责任；通过教学管理和教学方式的改革，明确提高质量和教学水平的工作方向，并把具体工作落实到校、院、系；通过科研管理体制的改革，组织各单位制定目标，将科研任务分配到科研院所和学院，推动成果涌现和实现申博目标；通过人事制度改革，严格规划岗位编制，按照工作任务量设岗，任务量不满不设岗，建立三级人事管理制度；通过财务、资产、设备管理体制改革，强化资源配置的科学性，突出高层规划能力，建立公平竞争平台，建立以工作目标配置资源的科学方式；通过后勤体制改革，将后勤建设成以合同管理为基础的实体，节省学校资源，赋予接受服务者对提供服务者进行评价和选择的权力；通过继续教育、企业的管理体制改革，建立年度经济目标，实现逐年增长扩大，支持学校可持续发展。
刘卫国号召全校师生员工发扬艰苦奋斗，勤俭办学的光荣传统，积极支持学校的内部管理体制改革。他提出要解决观念问题，解决高层财务规划与决策；人力资源的规划与管理；仪器设备和资产配备等的科学性问题。强调要善于总结与跟踪问效，善于把创收的蛋糕做大。
要加强学校内部管理，更要建设民主和谐的内部管理。刘书记强调，师生员工的监督舆论是和谐校园建设的主旋律，强调要发挥双代会民主决策、民主管理与民主监督的重要作用。要建立二级机构的教代会制度，加强一线的民主建设。要摆正二级机构中院长负责、党委政治核心、教代会民主决策、管理与监督、专家委员会治学（术）治教的四种关系。
刘卫国最后向为学校建设、为教学评估而忘我工作的同志们表示感谢！ （胡墨、周云逸报道）
